一、店铺承担手续费
电子货币最大的问题就是运营成本，也就是店铺经营方的手续费过高，收入过少。
Edy的手续费为基本手续费2000日元，在此基础之上再加利用额的4％。Suica的手续费是销售额的2％－4％。
这对于店铺来说，是一个较大的负担。所以说，店铺经营方并不一定希望使用电子货币的客户增加。销售总额没有增加，而电子货币的使用额增加了，这样反而会降低经营方的利润
有很多店铺都对信用卡敬而远之，理由就是手续费太高（根据公司和店铺的不同，加盟店支付给信用卡公司的手续费也不相同，一般在2％－5％），电子货币也是如此。
而使用电子货币支付的金额一般比信用卡要低，所以电子货币的这个问题更加深刻。对于店铺来说，很多时候即使支付了手续费，也无法确定能否得到利润。对于利润率在2％－3％的店铺来说，是无法使用电子货币的。
一般可能会认为对于使用者来说，“既方便又不用负担手续费，所以并没有什么问题”。其实不然，从长远来看，手续费很有可能将会以其他形式转移到使用者身上。
二、单独的运营无法进行核算
店铺承担的手续费在运营商看来是非常便宜的，而且，因为平均结算额是不到一千日元的小额，所以开发系统和开拓加盟店的费用与利润之间根本无法得到平衡。因此。电子货币事业的经营者一直无法站稳脚跟，甚至出现赤字。
实际上，运营Edy的Bit wallet公司自从成立以来，一次都没有出现过赤字。2009年12月，乐天取得了该公司一半多的股份，使其成为乐天的联合子公司，2012年6月开始，BitWaH更名为“乐天Ey股份公司”，“Ey”也变更为“乐天Fdy”。
Edy以外的电子货币运营商一般都还有其他主业，电子货币并不是主要收入来源。
在交通方面，因为人们使用的车票一般都具有磁力、所以需要对检票机器经常进行保养。而Suica这种非接触型的电子货币成了最适合的支付方式。在日本，许多通勤的人都选择乘坐电车。因此，可以说suia型的电子货币已经具备了普及的条件。
二十世纪九十年代末，电子货币就成为人们所议论的话题，但是，那时人们并没有意识到以上所叙述的那些问题（店铺成本或运营商的结算等）。而这些其实都是一些很深刻的问题除了交通系和流通系以外的电子货币是否能够在将来有更大的发展，这确实是个疑问。至少，我不认为他们今后的利用率会有飞跃性的提高。